Strategi pemanfaatan lahan sub-optimal seperti lahan rawa pasang pasang surut melalui pendekatan komoditas sulit dilakukan melainkan melalui pendekatan agroekosistem. Sejalan dengan itu strategi pemupukan pun harus mengacu pada pendekatan agroekosistem. Untuk merumuskan strategi pemupukan di lahan rawa pasang surut dilakukan penelitian potensi aliran hara di dalam agroekosistem. Penelitian ini dibatasi pada pengamatan potensi aliran hara N (N-NH4+ dan N-NO3-) selama musim hujan bulan November 2011 – Januari 2012 pada sistem usahatani surjan dan kolam ikan (sistem agro-aquakultur) di lahan rawa pasang surut tipe A. Kapasitas total N sistem agro-aqukultur mencapai 167 kg ha-1. Secara netto (bersih) kapasitas sistem ini menyediakan hara N untuk produksi biomassa mencapai 84 kg ha-1, yang berasal dari air sungai, pelimburan lumpur dasar kolam, dan air hujan berturut-turut sebesar 55, 16, dan 13 kg N ha-1. Optimalisasi pemanfaatan aliran N terkait dengan strategi pemupukan N dapat dicapai melalui penyusunan skenario pemanfaatan lahan rawa pasang surut berbasis agro-aquakultur. Pada skenario luas surjan berbanding luas kolam 3:7 aliran N di dalam sistem mampu memasok N masing-masing sebesar 31,5 dan 36,7 kg ha-1 untuk produksi biomassa di bagian surjan dan kolam.