Tujuan penelitian ini adalah mengkaji pola spasial dan temporal hasil tangkapan ikan pelagis kecil di Selat Makassar - Laut Jawa dalam suatu siklus tahunan dan variabilitasnya berdasarkan periode tahunan dan antar tahunan. Data hasil tangkapan merupakan rekaman catatan harian pendaratan armada penangkapanpurse seine dalam kurun waktu tahun 2002 - 2012 dengan volume > 30 GT yang selanjutnya diformulasi dalam Catch Per Unit Effort (CPUE). Siklus tahunan CPUE ditampilkan dalam suatu peta tematik dan pola fluktuasi menurut deret waktu pengamatannya. Analisis Continous Wavelet Transform dan band pass filter digunakan untuk menganalisis variabilitas tahunan dan antar tahunan CPUE. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Maret 2012 sampai dengan Februari 2013. Pengumpulan data dilakukan di Pelabuhan Perikanan Nusantara (PPN) Pekalongan. Hasil kajian menunjukkan bahwa pola sebaran CPUE pada periode munson barat laut dari arah timur Laut Jawa menuju utara Selat Makassar yang didominasi oleh bentong dan lemuru. Adapun pada periode munson tenggara pergerakannya berlangsung dari utara Selat Makassar menuju selatan Selat Makassar sampai barat Laut Jawa yang didominasi oleh jenis banyar dan layang. Variabilitas tahunan CPUE menunjukkan bahwa terjadi pencapaian puncak maksimum yang saling menggantikan berdasarkan periode munson antara jenis banyar dan layang dengan bentong dan lemuru. Variabilitas antar tahunannya memperlihatkan bahwa kejadian El Nino mengakibatkan peningkatan CPUE, sedangkan pada masa La Nina berlangsung sebaliknya. Berdasarkan kajian di atas dapat disimpulkan bahwa periode munson dan fenomena El Nino Southern Oscilation (ENSO) berpengaruh terhadap pola sebaran dan variabilitas tahunan dan antar tahunan jenis ikan pelagis kecil di perairan Selat Makassar hingga Laut Jawa. Kata kunci : Catch Per Unit Effort, Continous Wavelet Transform, Laut Jawa, Selat Makassar, variabilitas