Anggrek bulan (Phalaenopsis amabilis Blume) Pelaihari merupakan salah satu jenis anggrek spesies yang paling populer di dunia. Namun dihabitat aslinya, yaitu Pegunungan Meratus (Gunung Birah Bajuin, Kabupaten Tanah Laut), Kalimantan Selatan keberadaannya mulai terancam. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari karakteristik anggrek tersebut menggunakan penanda molekuler RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Enam penanda molekuler RAPD, yaitu OPA-02, OPA-04, OPB-01, OPB-06, OPB-07, dan OPS-12 telah digunakan untuk mempelajari karakteristik molekuler anggrek bulan Pelaihari. Penelitian dimulai dengan ekstraksi DNA (menggunakan kit DNAZol ES), kemudian uji kualitatif dan kuantitatif DNA, amplifikasi DNA, dan elektroforesis. Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan metode PCR, dengan pengaturan reaksi sebagai berikut: denaturasi awal 94°C selama 5 menit, denaturasi pada 94°C selama 30 detik, annealing pada 37°C selama 30 detik, dan ekstensi pada 72°C selama 1,5 menit, serta ekstensi akhir pada 72°C selama 7 menit. Reaksi tersebut diulang sebanyak 45 siklus. Analisis data didasarkan pada terdapat atau tidaknya fragmen DNA. Profil fragmen DNA diterjemahkan kedalam data biner dengan ketentuan nilai 0 untuk tidak ada fragemen DNA dan 1 untuk adanya fragmen DNA pada satu posisi yang sama dari individu-individu yang dibandingkan. Pengelompokkan data matrik (cluster analysis) dan pembuatan dendogram dilakukan dengan metode UPGMA, menggunakan program NTSys versi 2.1. Hasil penelitian memperlihatkan bahwa anggrek bulan Pelaihari memiliki karakteristik yang berbeda secara molekuler dengan anggrek bulan lainnya. Hal ini ditunjukkan terutama oleh penanda RAPD OPA-02 dan OPA-07. Hasil analisis cluster memisahkan anggrek bulan tersebut dengan anggrek bulan yang lain. Oleh karena itu, hasil penelitian ini diharapkan dapat bermanfaat sebagai acuan dalam program pelestarian dan pemuliaan tanaman anggrek di Indonesia.