Penelitian ini bertujuan memodelkan kandungan logam berat pada badan air, biota dan sedimen, kelimpahan plankton dan parameter kualitas air yang tidak memenuhi kriteria baku mutu air di sekitas Sub DAS Barito. Metode Analisis Data yang digunakan untuk menentukan status kualitas air dengan model STORET dan EQI (Environmental Quality Index), serta perhitungan indeks-indeks untuk analisis plankton yang diintegrasikan dengan Sistim Informasi Geografis (SIG). Hasil penelitian menunjukkan kadar logam berat pada badan air terutama Hg (0,2753 mg/l), dan Pb (0,17667 mg/l) berada di atas ambang batas maksimum yang telah ditetapkan. Sedangkan kadar logam berat Cd, As, Cr6+, dan Cu masih berada di bawah ambang batas maksimum yang telah ditetapkan. Berdasarkan hasil perhitungan dengan menggunakan metode Ordinary Kriging dengan Semivariogram/Covariance Modelling untuk model logam berat pada badan diperoleh nilai Average Standard Error rata-rata sebesar 0,00609 (RMS = 0,00512 pada stasiun I (Muara sungai Kelayan), 0,02441 (RMS = 0,02638) pada stasiun II (Muara Alalak) dan 0,01641 (RMS = 0,01430) pada stasiun III (Muara Sungai Kuin). Hasil perhitungan model Semivariogram logam berat pada sedimen, diperoleh nilai Average Standard Error rata-rata sebesar 0,98181 (RMS = 1,14015) pada stasiun I, pada stasiun II sebesar 1,14015 (RMS = 1,79179) dan pada stasiun III sebesar 1,19635 (RMS = 1,25590). Status Mutu Air Pada Stasiun Pengamatan menurut Model STORET dikategorikan buruk (tercemar berat), sedangkan berdasarkan Model Environmental Quality Index (EQI) dikategorikan sebagai perairan tercemar sedang.